館內分為「澎湖玄武岩展示」、「澎湖特色景觀」、「玄武岩介紹」、「澎湖地質年代表」、「澎湖六大地質公園」、「澎湖的自然及海鳥保護區」、」七美史石器工廠」、「世界共同的資產」、「石材生活主題」、「視聽室」、「圖書與石材工藝品」及「互動益智活動」等１５區。
